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[Stan] CmdStanRをつかうけれども、なければRStanをつかう関数 [統計]

CmdStanRがインストールされていればCmdStanRをつかうけれども、そうでなければRStanをつかう関数を定義してみました。エラー処理とかはいいかげんなので、適宜改良してください。

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タグ:STAn CmdStanR
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[Stan] CmdStanRのテスト2 [統計]

いろいろなメソッドをつかってみました。

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タグ:STAn CmdStanR
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[Stan] CmdStanRのテスト1 [統計]

CmdStanRをためしてみました。macOS Catalina 10.15.1で動作しました。

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タグ:STAn CmdStanR
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[Stan] Multiscale Occupancy Model [統計]

Advanced Hierarchical Modeling in Ecology 10.10節のMultiscale Occupancy ModelをStanに移植してみました。

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タグ:STAn
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[Stan] データのばらつきにランダム効果があるモデル [統計]

データのばらつきにランダム効果があるモデルというものをかんがえてみました。

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タグ:R STAn
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都道府県別のナラ枯れ被害材積の推移 [統計]

都道府県別のナラ枯れ被害材積の推移(2008〜2017年度)を森林・林業白書から抜きだしてまとめました。figshareに置いておきます。
doi: 10.6084/m9.figshare.9741125.v1

このデータを使うRコードのサンプルです。日本地図の作図にはu_riboさんのコードを参考にしました。

【修正2019-08-29 8:00JST】値のスケールがまちがっていたのを修正しました。

出力例です。

map2010.png
2010年の都道府県別被害材積

map2017.png
2017年の都道府県別被害材積

タグ:R
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[Stan] カテゴリカル分布へのあてはめと事後予測チェック [統計]

ベータ分布を任意の切断点で分割して、分割された面責に応じた確率でカテゴリカル分布を生成するというデータに対し、Stanでモデルをあてはめ、bayesplotパッケージで事後予測チェック (Posterior Predictive Check) をやってみました。



結果です。データを生成したモデルをあてはめているので、ちゃんとあてはまっています。

000002.png

タグ:STAn
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Stan: 丸めた値をあつかう [統計]

整数などに丸めた値から、元の値を推定するStanのモデルです。R Notebook形式ですが、Stanのコードは6.1 Bayesian Measurement Error Modelにあるコードそのままです。

事後分布はそれなりにひろいのですが、事後平均はわりといいかんじになっています。 まぬけなことに与えるデータをまちがえていました。まあ、それなりでした。
Rplot01.png


タグ:STAn
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SappoRo.R #9 [統計]

SappoRo.R #9に参加してきました。みなさんありがとうございました。

発表資料です。

タグ:R ggplot2
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共通の分母で割り算して対数を取った値同士の相関 [統計]

生態学にありがちな、共通の変数で割り算して対数を取った変数同士の相関(log(葉面積あたりの○○)とlog(葉面積あたりの××)とか)を考えてみました。対数値としては、共通の変数をひいてやったことになります。

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タグ:R STAn
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