[R] EmacsでRMarkdown

EmacsでRMarkdownを使えるように設定。といってもほとんど以下の記事をなぞっただけです。

Emacs for Bioinformatics #4: RMarkdown

Emacsにpoly-Rパッケージを導入するのがキモでした。

タグ：Emacs R rmarkdown

R: multcompパッケージのglht関数で多重比較

下のような図の作成の依頼がときどきあるので、ちょっとメモ。

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タグ：R

[R] 尤度比検定

Rで尤度比検定をやってみる例です。

baseの関数でやってみる場合と、lmtestパッケージのlrtest関数を使う場合の2とおりです。

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タグ：R

Stan: 常微分方程式をつかったモデルのパラメーター推定 2022年版

Stan: 常微分方程式をつかったモデルのパラメーター推定から8年たって、Stanの関数もかわっている（最近のものはマニュアルのOrdinary differential equation (ODE) solversを参照）ので、Stan 2.31.0でもう一回やってみました。

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タグ：STAn

いつでもAICを使えばよいというものではない

所内セミナー資料です。

AIC（赤池情報量規準）を予測以外に使うことに関する問題と、（AICに限らず）モデル選択後の推定や検定により生じる問題について話しました。

いつでもAICを使えばよいというものではない

PDF版はresearchmapにおいてあります。

タグ：AIC

モデル選択後の係数分布(2)

選択されたモデルという条件付きでは、係数の推定値に偏りが生じるという例です。

なお、AICは正しいモデルを選ぶためのものではないです（念のため）。

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タグ：AIC モデル選択

モデル選択後の係数分布

Kuchibhotla et al. (2022)を参考に、モデル選択後の係数の分布を求める例をやってみました。

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タグ：AIC モデル選択

パス解析とAIC比較

昨日の生態学会の自由集会「フィールドワークと統計モデリング：「現場の勘」の活かしどころ」での大久保先生の講演の予備資料"生態学と因果推論1"では、AICによるモデル選択がバイアスを伴うモデルを選択する例がしめされています。

ここではさらにパス解析でどうなるかを試してみました。そもそもパラメータが増えるので、AICはさらに大きくなりそうですが。

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タグ：パス解析 AIC

NIMBLEによるCARモデル

NIMBLEで、Intrinsic CAR (Conditional AutoRegressive) モデルのあてはめをやってみました。

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タグ：Nimble

NIMBLEによるCJSモデル

nimbleEcologyつかわずに、NIMBLEでCJSモデルのあてはめをやってみました。

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タグ：Nimble