モデル選択後の係数分布(2)

選択されたモデルという条件付きでは、係数の推定値に偏りが生じるという例です。

なお、AICは正しいモデルを選ぶためのものではないです（念のため）。

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タグ：AIC モデル選択

モデル選択後の係数分布

Kuchibhotla et al. (2022)を参考に、モデル選択後の係数の分布を求める例をやってみました。

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パス解析とAIC比較

昨日の生態学会の自由集会「フィールドワークと統計モデリング：「現場の勘」の活かしどころ」での大久保先生の講演の予備資料"生態学と因果推論1"では、AICによるモデル選択がバイアスを伴うモデルを選択する例がしめされています。

ここではさらにパス解析でどうなるかを試してみました。そもそもパラメータが増えるので、AICはさらに大きくなりそうですが。

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タグ：パス解析 AIC

NIMBLEによるCARモデル

NIMBLEで、Intrinsic CAR (Conditional AutoRegressive) モデルのあてはめをやってみました。

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タグ：Nimble

NIMBLEによるCJSモデル

nimbleEcologyつかわずに、NIMBLEでCJSモデルのあてはめをやってみました。

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タグ：Nimble

NIMBLE並列実行

parallelパッケージをつかって、NIMBLEのMCMC計算を並列化してみました。mclapply関数を使用しているのでWindowsでは動作しません（parLapplyをつかってください）。

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nimbleEcologyによるCJSモデル

Cormack-Jolly-Seber (CJS) モデルです。生存確率と再捕獲確率が固定のモデルでためしています。

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タグ：Nimble

nimbleEcologyによるN混合モデル

次は、N混合モデルです。

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タグ：Nimble

nimbleEcologyによる動的占有モデル

こんどは動的占有モデルです。与える引数の形式が、ベクトル・ベクトル・行列なので、dDynOcc_vvm分布を使用しました。ほかの分布はマニュアルを参照してください。

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nimbleEcologyによるサイト占有モデル

nimbleEcologyをためしてみました。

サイト占有モデル(dOcc)では占有確率は固定になるみたいです。（【追記】サイトごとには変えられる。そりゃそうだ。ということでコードを更新しました。）検出確率の型によって分布名が別になっています。動的占有モデルとかではこれによって分布名がえらいことになっています。nimbleのユーザー定義関数ではオーバーロードができない?

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