cmdstanrで"PCH file built from a different branch"というエラーがでたとき

Mac (Catalina 10.15.1) のcmdstanrで以下のようなエラーが出るようになった。

error: PCH file built from a different branch ((clang-1100.0.33.8)) than the compiler ((clang-1100.0.33.12))

コンパイラのバージョンが合っていないということらしいので、CmdStanを再インストール。CmdStanのディレクトリで

make clean-all
make build

これで解決した。

タグ：STAn

ClamXavからClamAVに

ClamXavがサブスクリプション制になって、値段もそれなりになったので、この際ClamXavをアンインストールして、CLIのClamAVをインストールすることにしました。

ClamXavのアンインストールは、インストールに使用したディスクイメージにアンインストーラーがはいっているので、それを利用します。

ClamAVのインストールはHomebrewからできます(参考: MacにClamAVをインストールする（homebrew使用）)。その後、clamd.conf.sampleとfreshclam.conf.sampleを、それぞれclamd.confとfreshclam.confにコピーして、中身の"Example"をコメントアウトしました。clamdを使用する場合は、clamd.confにもうすこし設定がいるようですが、今回はその予定はないので、とりあえずそのままです。

タグ：Mac OS X

Mac版QGIS3をインストールしてみた

前日につづき、QGIS3 (QGIS 3.2) のインストールです。Mac版のインストールです。

HomebrewなどでPythonをインストールしていなければ、python.orgで配布しているPython 3.6.xをインストールして（3.7.0はダメでした）、あとはGDAL、QGIS3とインストールすればOKです。

しかし、HomebrewのpyenvでPythonを管理している環境では、工夫がいりました。

参考: brew pyenv環境でQGIS 3.2をインストールする

自分の環境では以下のようにして、QGIS 3.2 をインストールする環境ができました。


アプリケーションの名前は“QGIS3”となるので、QGIS 2.18とは共存できます。データファイルも、QGIS3では“.qgz”形式で保存するようにすると、共存できるでしょう。

タグ：QGIS

Mac版QGIS 2.18.18のインストール

Mac版のQGISですが、QGISの公式サイトからもダウンロードできるようになっていました。QGISはもうVersion 3.0が でていますが、まだ2.18をつかうことにします。と、Mac版QGIS 2.18.18-1をインストールしたら、プラグインでエラーがでたので、その解消法のメモです。

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タグ：QGIS Python

Mac版rstanで、ちゃんとしたエラーメッセージがでない問題

2.15の頃からか、Mac版のrstanをCRANからバイナリでインストールした場合、エラーメッセージが以下のようになってしまうという症状がでていた。これは現在のrstan-2.16.2でも同様。

Error in rstan::stanc(file = "test.stan") : 
  c++ exception (unknown reason)

これではどのようなエラーかわからなくて非常に不便だったのだが、ソースからインストールしなおすと解消されるとの情報があり、やってみると実際に解消された。

> install.packages("rstan", type = "source")

ということで、メモしておく。

タグ：RStan

RedPenのインストール

文書チェッカーのRedPenをインストールしてみました。環境は、macOS sierra 10.12.4です。

まず、OracleからJava SE Development Kit 8をダウンロードしてきてインストール。

つづいて、redpen-1.8.0.tar.gzをダウンロードして、/usr/local以下に展開。
ln -s /usr/local/redpen-distribution-1.8.0 /usr/local/redpen
として、 /usr/local/redpen/binをPATHにくわえます。

あとは、
redpen -c /usr/local/redpen/conf/redpen-conf-ja.xml hoge.tex
とかでチェックできます。

Wine 1.8

Wine 1.8がリリースされたので、OpenBUGSの動作確認をおこないました。

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タグ：wine OpenBUGS

OS X El Capitanで、RからFileMakerのデータベースをよみこむ

RからFileMakerのデータベースをつかうときは、CSVファイルを経由していたのですが、直接よめたら便利だろうとおもったので、できるようにした手順をメモ。ODBCをつかいます。

環境
OS X El Captian 10.11.1
FileMaker Pro 13（まだ14にしてません）
R 3.2.2

参考にしたところ
FileMaker 13 ODBC と JDBC ガイド
r - Installation of RODBC/ROracle packages on OS X Mavericks - Stack Overflow

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タグ：R FileMaker

続 TeXShopの「統計情報」の文字数をマルチバイト文字対応に

「TeXShopの「統計情報」の文字数をマルチバイト文字対応に」のつづきです。

前回の方法だと、フルパスに非ASCII文字がふくまれるファイルのカウントに失敗することがわかりました。ということで、修正です。

まず、.cshrcのsetenv LANG ja_JP.UTF-8を削除します。

つぎに、TeXShop.app/Contents/Resources/detexwrapの14行目を以下のように修正します。

detex "${filename}" | env LANG=ja_JP.UTF-8 wc -mlw

UTF-8 決め打ちですが、とりあえずうまくいきました。

タグ：LaTeX

TeXShopの「統計情報」の文字数をマルチバイト文字対応に

TeXShopの「統計情報」で表示される文字数がマルチバイト文字に対応していないようなので、直してみました。

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タグ：LaTeX