[R&Stan] さらにPosterior predictive check

さらに Posterior predictive check のテストです。二項分布で生成したデータに、二項分布・ポアソン分布・正規分布をあてはめてみました。

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DropboxからiCloudへ

iCloudに置いている写真が容量を圧迫したせいで、2TBプランへアップグレードすることになってしまいました。Apple依存というのもどうかとはおもうのですが、そうすると、Dropbox Plusも使っているというのはゼイタクなので、ちょうど契約更新時でもあり、そちらをBasicプランに変更しました。論文PDFやスキャンした書籍をiCloudへ移動し、必要性が低い端末をアンリンクし、Dropboxで同期が必要なファイルのみ残してまあなんとか整理できました。

そういえば、久保さんもDropboxからGoogle Driveへ移行されたということでしたか。

JAGS: sumを分布としてつかう

JAGS version 4.3.0 user manual にある、sumを分布として使う例をためしてみたというだけのテストです。

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R: ひさびさにL関数

ひさびさにL関数をつかって、よく見るような図をかいてみるテストです。

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タグ：R

[Stan] multinomialをつかった回帰(3)

前回のsoftmaxをつかったモデルでは信用区間がひろかったので、何か制約をいれた方がよさそうということで、パラメータの事前分布をせまくしてみました。

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タグ：STAn

[Stan] multinomialをつかった回帰(2)

前のモデルですが、softmaxをつかうモデルもためしてみました。収束はしましたが、信用区間がひろく、WAICも逆ロジット+比例配分よりもおおきくなりました。まあ、データを生成したのとは異なるモデルではありますが。

【追記】softmaxでは定数を加算しても出力は同じなので、なにか制約をいれた方がいいのかも。

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[Stan] multinomialをつかった回帰

3種の生物が生息している地域のN地点でそれぞれM個体を採取する。採取した3種の個体数（の割合）と共変量Xとの関係を分析する。という設定をかんがえてみたテストです。

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タグ：STAn

[Stan] AHM 10.4 サイト占有モデル

“Advanced Hierarchical Modeling in Ecology”の10章10.4節にあるサイト占有モデルのStan移植です。

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タグ：STAn

謹賀新年2020

写真は、天売島のノゴマです。

[R] bayesplot::ppc_rootogram

bayesplotパッケージで離散値の事後予測チェックをするときは、ppc_rootogramをつかうといい感じなのでメモ。

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