Stan: Reduce Sum をつかった N-mixture model (2) bivariate Poisson 版

Reduce Sum をつかった N-mixture modelですが、繰り返し測定が2回なら、bivariate Poisson分布でさらに高速化できます。

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Stan: Reduce Sum をつかった N-mixture model

きのうのコードは まちがっていたので、ちゃんと うごくようになおしました。

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Stan: Reduce Sum でなぜか結果がかわる

N-mixtureモデルをStanであてはめるのに個体数ごとの尤度を足し上げる場合、Reduce Sumをつかってマルチスレッドにすると高速化できるのではないかと、やってみました。しかし、マルチスレッドを有効にするとなぜか結果がかわってしまいました。

【2020-10-25 07:43 JST 追記】 一晩ねて落ち着いて考えてみると、log_sum_expでたすべきところを、そのままたしてしまうことになるので、結果がかわるのは当然でした。

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札幌のカラス3

札幌のカラス3
中村 眞樹子(著)
北海道新聞社, 2020

MARUZEN&ジュンク堂 札幌店にて。

里山研究会ウェブサイト移転

ほとんど放置状態の里山研究会ウェブサイトですが、So-netのU-Page+がサービス終了となるため、GitHub Pagesに移転しました。

そのうちまた内容を追加することがあるかもしれません。

【2020-10-25 11:27 JST 追記】 GitHubという内容でもないので、さくらインターネットに移転することにしました。

https://ito4303.sakura.ne.jp/satoyama/

ひきつづき、よろしくお願いいたします。

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タマゴタケ

タマゴタケ

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[Stan] 隠れマルコフモデルのテスト2

遷移確率と出力確率を推定してみます。

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[Stan] 隠れマルコフモデルのテスト1

CmdStan 2.24に隠れマルコフモデルが くみこまれたということでテストです。

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精進川の滝

精進川の滝です。

『わさびの日本史』『札幌のカラス2』『今昔百鬼拾遺 月』

ジュンク堂&MARUZEN 札幌店にて


わさびの日本史, 山根京子, 文一総合出版

なるほどそうだね 札幌のカラス2, 中村 眞樹子, 北海道新聞社


今昔百鬼拾遺 月, 京極夏彦, 講談社

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