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[R&Stan] さらにPosterior predictive check [統計]

さらに Posterior predictive check のテストです。二項分布で生成したデータに、二項分布・ポアソン分布・正規分布をあてはめてみました。

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JAGS: sumを分布としてつかう [統計]

JAGS version 4.3.0 user manual にある、sumを分布として使う例をためしてみたというだけのテストです。

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タグ:jags
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R: ひさびさにL関数 [統計]

ひさびさにL関数をつかって、よく見るような図をかいてみるテストです。

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タグ:R
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[Stan] multinomialをつかった回帰(3) [統計]

前回のsoftmaxをつかったモデルでは信用区間がひろかったので、何か制約をいれた方がよさそうということで、パラメータの事前分布をせまくしてみました。

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タグ:STAn
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[Stan] multinomialをつかった回帰(2) [統計]

前のモデルですが、softmaxをつかうモデルもためしてみました。収束はしましたが、信用区間がひろく、WAICも逆ロジット+比例配分よりもおおきくなりました。まあ、データを生成したのとは異なるモデルではありますが。

【追記】softmaxでは定数を加算しても出力は同じなので、なにか制約をいれた方がいいのかも。

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[Stan] multinomialをつかった回帰 [統計]

3種の生物が生息している地域のN地点でそれぞれM個体を採取する。採取した3種の個体数(の割合)と共変量Xとの関係を分析する。という設定をかんがえてみたテストです。

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タグ:STAn
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[R] bayesplot::ppc_rootogram [統計]

bayesplotパッケージで離散値の事後予測チェックをするときは、ppc_rootogramをつかうといい感じなのでメモ。

Rplot.png

タグ:R STAn
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[Stan] CmdStanRをつかうけれども、なければRStanをつかう関数 [統計]

CmdStanRがインストールされていればCmdStanRをつかうけれども、そうでなければRStanをつかう関数を定義してみました。エラー処理とかはいいかげんなので、適宜改良してください。

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タグ:STAn CmdStanR
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[Stan] CmdStanRのテスト2 [統計]

いろいろなメソッドをつかってみました。

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タグ:STAn CmdStanR
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[Stan] CmdStanRのテスト1 [統計]

CmdStanRをためしてみました。macOS Catalina 10.15.1で動作しました。

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タグ:STAn CmdStanR
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