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nimbleEcologyによるサイト占有モデル [統計]

nimbleEcologyをためしてみました。

サイト占有モデル(dOcc)では占有確率は固定になるみたいです。(【追記】サイトごとには変えられる。そりゃそうだ。ということでコードを更新しました。)検出確率の型によって分布名が別になっています。動的占有モデルとかではこれによって分布名がえらいことになっています。nimbleのユーザー定義関数ではオーバーロードができない?

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タグ:Nimble
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NIMBLEによるサイト占有モデル [統計]

ひさしぶりにNIMBLEをつかってみたメモです。WAICを計算できるようになっていました。

昨年の生態学会用につくったサイト占有モデルの例題をやってみました。nimbleEcologyは使わずにやっています。

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タグ:Nimble
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Apple Silicon Mac で rjags の呼び出しがエラーになるとき [統計]

Apple Silicon (M1Max) の MacBook Proで、HomebrewからJAGSをインストールし、Rからrjagsをインストールしたのですが、library(rjags)で、以下のようなエラーになりました。

call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so' を読み込めません: 
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so, 0x000A): Library not loaded: /opt/R/arm64/lib/libjags.4.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so
Reason: tried: '/opt/R/arm64/lib/libjags.4.dylib' (no such file), '/usr/lib/libjags.4.dylib' (no such file)


結局、rjagsをソースからインストールしなおしたら、使えるようになりました。

> remove.packages("rjags")
> install.packages("rjags", type="source")

タグ:jags
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[Stan] 直径階級データのワイブル分布へのあてはめ [統計]

樹木の直径データですが、ヒストグラムの形でしか公開されていないとか、そもそも2cm刻みとかで測定されていたりする場合があります。こういう直径階級データをStanでワイブル分布にあてはめます。

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タグ:STAn
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[Stan] 切断・打ち切りデータのワイブル分布へのあてはめ [統計]

樹木の直径データを測定するとき、一定未満のサイズのものは測定しなかったり、数だけ数えるという場合があります。こうしたデータをStanでワイブル分布にあてはめます。

やっていることは、Stan User’s GuideのChapter 4 “Truncated or Censored Data”そのままです。


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タグ:STAn
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Apple Silicon MacBook Pro で R から TensorFlow を使えるようにしてみた [統計]

Apple Silicon MacBook ProでRStudioからTensorFlowを使えるようにしてみました。

まず、Installing Tensorflow on Apple M1 With the New Metal Pluginを読んで、MiniForge経由でTensorFlowをインストールしてあります。

という環境で、RのKerasパッケージからTensorFlowを使えるようにしてみました。

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タグ:R Keras Tensorflow
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Stan: 3母数ワイブル分布の推定 [統計]

樹木の直径分布によく使われる3母数ワイブル分布(分布をX軸方向に平行移動させる位置パラメータが加わる)のパラメータをStanで推定してみました。

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タグ:STAn
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Stan: 2重積分 [統計]

松浦さんの「階層ベイズモデルとWAIC」にある、シンプソン法による数値積分を、2重積分に拡張してみました。

【追記 やっぱりこんなに単純にはいかないそうです。モンテカルロ積分がよいかも。(松浦さんに多謝。)】

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タグ:STAn
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Stan 2.27のarray型をつかってみた [統計]

Release of CmdStan 2.27.0にて、Stan 2.27.0の新機能が解説されています。あらたに追加された(実は前のバージョンでひっそりと導入されていたそうですが)arrayによる配列宣言をためしてみました。

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タグ:STAn
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Stan: Reduce Sum をつかった N-mixture model (2) bivariate Poisson 版 [統計]

Reduce Sum をつかった N-mixture modelですが、繰り返し測定が2回なら、bivariate Poisson分布でさらに高速化できます。

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タグ:STAn
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