cmdstanrで"PCH file built from a different branch"というエラーがでたとき

Mac (Catalina 10.15.1) のcmdstanrで以下のようなエラーが出るようになった。

error: PCH file built from a different branch ((clang-1100.0.33.8)) than the compiler ((clang-1100.0.33.12))

コンパイラのバージョンが合っていないということらしいので、CmdStanを再インストール。CmdStanのディレクトリで

make clean-all
make build

これで解決した。

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『たのしいベイズモデリング2—事例で拓く研究のフロンティア—』

豊田 秀樹（編著）たのしいベイズモデリング2—事例で拓く研究のフロンティア—. 北大路書房

北大路書房さまから著者分をお送りいただきました。ありがとうございます。私は第5章を担当しています。

書店発売は11月18日とのことです。

2019北方森林学会発表

第68回北方森林学会大会で、「13年生シラカンバ伐採後の萌芽発生」と題して発表しました。発表ポスターはfigshareで公開しました(DOI:10.6084/m9.figshare.10116536.v1)。

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[Stan] CmdStanRをつかうけれども、なければRStanをつかう関数

CmdStanRがインストールされていればCmdStanRをつかうけれども、そうでなければRStanをつかう関数を定義してみました。エラー処理とかはいいかげんなので、適宜改良してください。

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[Stan] CmdStanRのテスト2

いろいろなメソッドをつかってみました。

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[Stan] CmdStanRのテスト1

CmdStanRをためしてみました。macOS Catalina 10.15.1で動作しました。

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