JAGSのconfigure

MAGRO: 実行時間の比較でJAGSの成績が異様に悪く、ところが研究室マシンのJAGSは速かったので、自前でJAGSをコンパイルしなおしてみた。結果として、configureを見直すことで改善されることがわかった。


Tools – R for Mac OS X – developer's pageからGNU Fortran 4.2.4 for Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)を入手してインストールしておく(でも実際のコンパイルではつかってないみたいなのだが)。

そして以下のようにconfigure。

F77=/usr/bin/gfortran \
CFLAGS="-O3 -arch x86_64" \
CXXFLAGS="-O3 -arch x86_64 -framework vecLib" \
FFLAGS="-O3 -arch x86_64" \
./configure

すると、前回のコードの結果が以下のように大幅に改善された。

> system.time(jags.test(n.chains, n.iter, n.burnin, n.thin))
  |++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++| 100%
  |**************************************************| 100%
   ユーザ   システム       経過  
    69.339      0.109     69.248 

タグ：jags MCMC

コメント 2

いつも勉強させていただいております。
jags_instration_manual P.9 OSXには「A final note on MacOS X builds: do NOT use -O3. It is not optimal and may find compiler bugs. Apple recommends -Os.」とありましたので、blogにある-O3を外して-Osでもコンパイルして２つを比較してみました。同様にベンチしてみると私の環境で次のようになりました。
ユーザ システム 経過
-O3=77.807 0.059 78.240
ユーザ システム 経過
-Os=78.059 0.056 78.459
参考になる情報いつもありがとうございます。

by しりおやじ (2010-05-03 21:15) 

コメントありがとうございます。
"-O3"使うな、と明記されるようになったのですが、たしかに"-O3"の効果はそれほどでもないのかもしれませんね。

by hiroki (2010-05-04 05:22)