某所クラスタシステム用MAGROインストールメモ

MAGROを某所のクラスタシステム(64bit Redhat 5.2)にインストールするためのメモ。

まず、boehm-gcとClearSilverをインストール。root権限はないのでインストール先はホームディレクトリ。ClearSilverは、csディレクトリのtestでエラーが出るので(64ビットシステムではそうなるらしい)、cs/Makefileを書き換えて(testを省略)むりやりインストール。

MAGROは、下のパッチをあてておいて、configureのときにはCFLAGSに-D__PURE_INTEL_C99_HEADERS__をいれておく。Intelコンパイラを使用。

diff -cr magro-0.1.orig/src/mainapp/chain.c magro-0.1/src/mainapp/chain.c
*** magro-0.1.orig/src/mainapp/chain.c	2010-02-19 09:21:47.000000000 +0900
--- magro-0.1/src/mainapp/chain.c	2010-03-08 12:24:07.000000000 +0900
***************
*** 77,82 ****
--- 77,83 ----
              bugs_node_dump(g_bugsnode);
      
  		chain->_bugsnode = g_bugsnode;
+ 	return 0;
  	}
      else
      {
diff -cr magro-0.1.orig/src/nmath/nmath.h magro-0.1/src/nmath/nmath.h
*** magro-0.1.orig/src/nmath/nmath.h	2010-02-19 09:09:40.000000000 +0900
--- magro-0.1/src/nmath/nmath.h	2010-03-08 10:58:25.000000000 +0900
***************
*** 27,32 ****
--- 27,33 ----
  #define NEGINF	0xfff0000000000000
  #define POSINF	0x7ff0000000000000
  #define uniform unif_rand
+ #define M_PI	3.14159265358979323846	/* pi */
  
  struct _RGAMMA_STATE
  {
diff -cr magro-0.1.orig/src/parser_bugs/parser_bugs.c magro-0.1/src/parser_bugs/parser_bugs.c
*** magro-0.1.orig/src/parser_bugs/parser_bugs.c	2010-02-17 21:23:59.000000000 +0900
--- magro-0.1/src/parser_bugs/parser_bugs.c	2010-03-08 12:06:44.000000000 +0900
***************
*** 1264,1270 ****
    
    int yystate;
    int yyn;
!   int yyresult;
    /* Number of tokens to shift before error messages enabled.  */
    int yyerrstatus;
    /* Look-ahead token as an internal (translated) token number.  */
--- 1264,1270 ----
    
    int yystate;
    int yyn;
!   volatile int yyresult;
    /* Number of tokens to shift before error messages enabled.  */
    int yyerrstatus;
    /* Look-ahead token as an internal (translated) token number.  */

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