G5よりCore Duoが圧倒的に速いJAGS([追記] と思ったが)：Taglibro de H：SSブログ

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G5よりCore Duoが圧倒的に速いJAGS([追記] と思ったが)　[Mac] [編集]

このところ、Intel MacとPowerPC MacでJAGSによるMCMC計算をやらせているが、後者の方がずいぶんと速い気がする。ということで、速度を比較してみた。

ハードウェアにはMacBook (Intel Core Duo 1.83GHz/2GB RAM)とiMac G5 (PowerPC G5 1.8GHz/2GB RAM)を使用。OSは10.4.8。bugs-examplesのvol1にあるblockerのサンプルを実行して、処理時間を比較してみた。以下のコマンドで3回計測。両者ともX11のみ立ち上げて、xtermからコマンドを打ち込んだ。

$ time jags test1.cmd

結果

Macbook (Intel Core Duo 1.83GHz)

1回目

real    0m20.893s
user    0m20.313s
sys     0m0.036s

2回目

real    0m20.175s
user    0m20.146s
sys     0m0.021s

3回目

real    0m19.977s
user    0m19.948s
sys     0m0.021s

iMac G5 (PowerPC G5 1.8GHz)

1回目

real    1m31.577s
user    1m27.725s
sys     0m0.461s

2回目

real    1m32.091s
user    1m28.176s
sys     0m0.477s

3回目

real    1m32.194s
user    1m28.345s
sys     0m0.458s

MacBookがおよそ20秒、iMac G5がおよそ90秒ということで、やはりMacBookの方が4倍以上速かった。

追記

橘さんのコメントを読んで、コンパイルオプションは同じ(libRmathではblasとlapackを有効に、jagsではデフォルト)はずだが、そういえばiMacの方をコンパイルしたときはまだGCC3だったなと、あらためてGCC4でコンパイルしてみたら、かなり速くなった。

1回目

real    0m30.361s
user    0m28.830s
sys     0m0.192s

2回目

real    0m30.666s
user    0m29.042s
sys     0m0.201s

3回目

real    0m30.092s
user    0m28.666s
sys     0m0.179s

と、以前の3倍速に。それでもCore Duoがまだ1.5倍ほど速いが、かなり差が詰まった。

うーん、何が原因だったんだろう。GCC4の性能なのか、以前は実はblasやlapackが有効になっていなかったのか(現在の状態でJAGSのconfig.hを見ると、blasとlapackが有効になっている)。

2007-01-29 20:50 nice!(0) コメント(4) トラックバック(0)
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両方とも最適化BLAS使ってますか? コンパイラの最適化オプションも一方だけバリバリに最適化する設定だったりしません? ライブラリとコンパイラと最適化オプションが明らかでないと参考にしづらいのですが。
個人的な印象ではG5ってVMX(AltiVec/VelocityEngine)最適化すればかなり速いと思っていたんですけど。最適化してもコンパイラの対応の差もあるかもしれませんね。あと温度監視して熱暴走しないように勝手にクロックを落とす機能が働いていたりすることもありますがiMacではそういうことは無いんでしょうかね。
ま、極限まで最適化したらさらに差が開きそうな気がしなくもないです。MKL + ICCがG5は使えませんから。
by 橘 (2007-01-30 02:03)