統計：Taglibro de H：SSブログ

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nimbleEcologyによるサイト占有モデル　 [統計]

nimbleEcologyをためしてみました。

サイト占有モデル(dOcc)では占有確率は固定になるみたいです。（【追記】サイトごとには変えられる。そりゃそうだ。ということでコードを更新しました。）検出確率の型によって分布名が別になっています。動的占有モデルとかではこれによって分布名がえらいことになっています。nimbleのユーザー定義関数ではオーバーロードができない?

タグ：Nimble

2022-02-20 10:43 nice!(1) コメント(0)
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NIMBLEによるサイト占有モデル　 [統計]

ひさしぶりにNIMBLEをつかってみたメモです。WAICを計算できるようになっていました。

昨年の生態学会用につくったサイト占有モデルの例題をやってみました。nimbleEcologyは使わずにやっています。

タグ：Nimble

2022-02-19 08:06 nice!(1) コメント(0)
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Apple Silicon Mac で rjags の呼び出しがエラーになるとき　 [統計]

Apple Silicon (M1Max) の MacBook Proで、HomebrewからJAGSをインストールし、Rからrjagsをインストールしたのですが、library(rjags)で、以下のようなエラーになりました。

call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so' を読み込めません: 
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so, 0x000A): Library not loaded: /opt/R/arm64/lib/libjags.4.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so
Reason: tried: '/opt/R/arm64/lib/libjags.4.dylib' (no such file), '/usr/lib/libjags.4.dylib' (no such file)

結局、rjagsをソースからインストールしなおしたら、使えるようになりました。

> remove.packages("rjags")
> install.packages("rjags", type="source")

タグ：jags

2022-02-17 15:23 nice!(1) コメント(0)
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[Stan] 直径階級データのワイブル分布へのあてはめ　 [統計]

樹木の直径データですが、ヒストグラムの形でしか公開されていないとか、そもそも2cm刻みとかで測定されていたりする場合があります。こういう直径階級データをStanでワイブル分布にあてはめます。

タグ：STAn

2022-01-22 08:58 nice!(1) コメント(0)
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[Stan] 切断・打ち切りデータのワイブル分布へのあてはめ　 [統計]

樹木の直径データを測定するとき、一定未満のサイズのものは測定しなかったり、数だけ数えるという場合があります。こうしたデータをStanでワイブル分布にあてはめます。

やっていることは、Stan User’s GuideのChapter 4 “Truncated or Censored Data”そのままです。

タグ：STAn

2022-01-18 18:39 nice!(1) コメント(0)
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Apple Silicon MacBook Pro で R から TensorFlow を使えるようにしてみた　 [統計]

Apple Silicon MacBook ProでRStudioからTensorFlowを使えるようにしてみました。

まず、Installing Tensorflow on Apple M1 With the New Metal Pluginを読んで、MiniForge経由でTensorFlowをインストールしてあります。

という環境で、RのKerasパッケージからTensorFlowを使えるようにしてみました。

タグ：R Keras Tensorflow

2022-01-03 15:40 nice!(1) コメント(0)
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