[Stan] Modeling wiggly covariate relationships (AHM 10.14)

Applied Hierarchical Modeling in Ecology 10.14節の「曲がりくねった共変量関係のサイト占有モデル」をStanに移植しました。

元のBUGSコードでは線形予測子に、beta1[2]*Xocc[i,2] + beta1[3]*Xocc[i,2]とalpha1[2]*Xdet[i,2] + alpha1[3]*Xdet[i,2]という部分があって識別不可能な気がしていて、というかそれぞれbeta1[2]*Xocc[i,2] + beta1[3]*Xocc[i,3]とalpha1[2]*Xdet[i,2] + alpha1[3]*Xdet[i,3]の誤りのような気がするので、修正したコードでもためしてみました。

Stanコードです。hypermodel.stanが元のモデル、hypermodel2.stanが修正したモデルです。

結果です。

元のBUGSコードでえがいた結果のグラフです。本のFigure 10.17とちがってみえるのは、Rの乱数がかわったせいです。

識別不可能な部分をそのままにした結果です。だいたいBUGSと同じ結果です。

識別不可能な部分を修正した結果です。事後平均だけだとあまり変化はありませんでした。

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