Stan 2.0.0 をつかってみる

Stan 2.0.0ではコマンドラインの書式ががらっとかわっている。

BUGS Example Vol1のblockerで ためしてみる。

コンパイル

cd <stan home>
make /path/to/blocker/blocker

実行する。

cd /path/to/blocker
./blocker sample num_samples=30000 num_warmup=3000 thin=30 random seed=123 \
          data file=blocker.data.R init=blocker.init.R \
          output refresh=10000 file=sample1.csv id=1 &
./blocker sample num_samples=30000 num_warmup=3000 thin=30 random seed=1234 \
          data file=blocker.data.R init=blocker.init.R \
          output refresh=10000 file=sample2.csv id=2 &
./blocker sample num_samples=30000 num_warmup=3000 thin=30 random seed=12345 \
          data file=blocker.data.R init=blocker.init.R \
          output refresh=10000 file=sample3.csv id=3

結果をよみこむRスクリプト。

post1 <- read.csv(file = "sample1.csv", header = TRUE, comment.char = '#')
post2 <- read.csv(file = "sample2.csv", header = TRUE, comment.char = '#')
post3 <- read.csv(file = "sample3.csv", header = TRUE, comment.char = '#')

post1.mcmc <- mcmc(post1)
post2.mcmc <- mcmc(post2)
post3.mcmc <- mcmc(post3)

post.mcmc.list <- mcmc.list(post1.mcmc, post2.mcmc, post3.mcmc)
summary(post.mcmc.list)

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