R: Moran's I

きのうにひきつづき、library(spatstat)のdata(finpines)をつかって、Moran's Iを計算させてみる。

library(spatstat)
library(spdep)

data(finpines)

finpinesはpppクラスのオブジェクトで、フィンランドのマツの稚樹のデータ。

plot(finpines, which.marks="diameter", main="diameters")
plot(finpines, which.marks="height", main="height")

直径と樹高の関係もプロットしてみる。

plot(finpines$marks$diameter, finpines$marks$height)

ドロネー三角網をつくってみる。

finpines.coord <- coordinates(cbind(finpines$x,  finpines$y))
finpines.nb <- tri2nb(finpines.coord)
plot(finpines.nb, finpines.coord)

Moran's I で空間自己相関の検定をしてみる。

> finpines.listw <- nb2listw(finpines.nb)
> moran.test(finpines$marks$diameter, finpines.listw)

	Moran's I test under randomisation

data:  finpines$marks$diameter  
weights: finpines.listw  
 
Moran I statistic standard deviate = -0.0028, p-value = 0.5011
alternative hypothesis: greater 
sample estimates:
Moran I statistic       Expectation          Variance 
     -0.008143080      -0.008000000       0.002700897 

> moran.test(finpines$marks$height, finpines.listw)

	Moran's I test under randomisation

data:  finpines$marks$height  
weights: finpines.listw  
 
Moran I statistic standard deviate = 1.0833, p-value = 0.1393
alternative hypothesis: greater 
sample estimates:
Moran I statistic       Expectation          Variance 
      0.048516112      -0.008000000       0.002721604 

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