MAGRO

East_Scrofaさんのところで、MAGRO (MCMC Another Gibbs Sampler)が紹介されていた。しばらく前のKuboLogにあったのはこれのことなのか。ということで、さっそくためしてみた。Mac OS X 10.6.2にて。

bugs-examples/vol1のblockerでためしてみる。

library(rmagro)
source("blocker-data.R")
source("blocker-init.R")
post <- magro.samples("blocker.bug",
                      n.iter = 33000, n.burnin = 3000, thin = 30,
                      n.chain = 3,
                      list.data = list(rt = rt, nt = nt, rc = rc,
                                       nc = nc, Num = Num),
                      inits = list(d = d, tau = tau, mu = mu,
                                   delta = delta),
                      monitor = c("d", "delta.new", "sigma"))

結果

> summary(post)

Iterations = 3000:32970
Thinning interval = 30 
Number of chains = 3 
Sample size per chain = 1000 

1. Empirical mean and standard deviation for each variable,
   plus standard error of the mean:

             Mean      SD Naive SE Time-series SE
d         -0.2502 0.05999 0.001095       0.001166
delta.new -0.2448 0.14261 0.002604       0.002698
sigma      0.1144 0.06754 0.001233       0.001502

2. Quantiles for each variable:

              2.5%      25%     50%     75%    97.5%
d         -0.36808 -0.29032 -0.2520 -0.2100 -0.12987
delta.new -0.52931 -0.31936 -0.2487 -0.1692  0.05547
sigma      0.02672  0.06191  0.1011  0.1519  0.28112

こまかい評価はまた後日。しかしなかなか楽しみである。

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