rjagsの使い方メモ

1. rjagsのインストール (Mac OS X)

1. まず、pkg-configをインストールしておく。
   cd pkg-config-x.xx
   ./configure
   make
   sudo make install
2. rjags_1.0.1-1.tar.gzをダウンロード。
3. sudo R CMD INSTALL rjags_1.0.1-1.tar.gz

2. rjagsの使用

1. rjagsパッケージの読み込み。
   library(rjags)
   
2. R2WinBUGSにある例題を使用する。
   library(R2WinBUGS)
   data(schools)
3. 準備。
   model.file <- system.file(package = "R2WinBUGS",
       "model", "schools.txt")
   J <- nrow(schools)
   y <- schools$estimate
   sigma.y <- schools$sd
   data <- list (J=J, y=y, sigma.y=sigma.y)
   init1 <- list(
       theta = rnorm(J, 0, 100),
       mu.theta = rnorm(1, 0, 100),
       sigma.theta = runif(1, 0, 100))
   init2 <- list(
       theta = rnorm(J, 0, 100),
       mu.theta = rnorm(1, 0, 100),
       sigma.theta = runif(1, 0, 100))
   init3 <- list(
       theta = rnorm(J, 0, 100),
       mu.theta = rnorm(1, 0, 100),
       sigma.theta = runif(1, 0, 100))
   parameters <- c("theta", "mu.theta", "sigma.theta")
   model <- jags.model(model.file, data,
       inits = list(init1, init2, init3), nchain = 3, n.adapt = 2000)
4. 実行する。
   samples <- coda.samples(model, parameters, 2000)
5. 結果。
   summary(samples)
   Iterations = 2001:4000
   Thinning interval = 1 
   Number of chains = 3 
   Sample size per chain = 2000 
   
   1. Empirical mean and standard deviation for each variable,
      plus standard error of the mean:
   
                 Mean    SD Naive SE Time-series SE
   mu.theta     7.923 5.145  0.06643         0.2437
   sigma.theta  6.043 5.314  0.06861         0.3649
   theta[1]    11.033 8.262  0.10667         0.3712
   theta[2]     7.885 6.124  0.07905         0.2291
   theta[3]     6.430 7.499  0.09681         0.2588
   theta[4]     7.584 6.413  0.08279         0.2300
   theta[5]     5.547 6.255  0.08075         0.2392
   theta[6]     6.368 6.645  0.08579         0.2353
   theta[7]    10.223 6.757  0.08723         0.3042
   theta[8]     8.399 7.692  0.09931         0.2578
   
   2. Quantiles for each variable:
   
                   2.5%   25%    50%    75% 97.5%
   mu.theta     -1.5973 4.586  7.926 11.138 18.14
   sigma.theta   0.1618 1.971  4.688  8.545 20.11
   theta[1]     -1.9667 5.868 10.089 14.719 31.38
   theta[2]     -4.0934 4.003  7.919 11.560 20.65
   theta[3]    -10.5457 2.158  7.018 11.023 20.60
   theta[4]     -5.2593 3.531  7.681 11.359 20.61
   theta[5]     -8.5426 1.488  6.128  9.851 16.83
   theta[6]     -8.5811 2.288  6.897 10.686 18.81
   theta[7]     -1.2334 5.903  9.764 13.920 25.37
   theta[8]     -6.1549 3.864  8.186 12.310 25.20

.RNG.nameを指定するとaddress 0x0, cause 'non-existent physical address'になるのは環境依存なのか。

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