JAGS 1.0.0のインストール [Mac]
JAGS 1.0.0を、MacBook Pro (2.16GHz Core 2 Duo)のMac OS X 10.5.1にインストール。
./configure --prefix=/usr/local --mandir=/usr/local/share/man
make
sudo make install
bugs-examples/vol1/blockerでテスト。
$ time jags test1.cmd
1回目
real 0m16.134s
user 0m16.103s
sys 0m0.029s
2回目
real 0m16.115s
user 0m16.068s
sys 0m0.037s
3回目
real 0m16.343s
user 0m16.289s
sys 0m0.027s
64ビットでもビルドしてみた。
FFLAGS='-arch x86_64 -m64' CFLAGS='-arch x86_64 -m64' CXXFLAGS='-arch x86_64 -m64' ./configure --prefix=/usr/local --mandir=/usr/local/share/man
make
sudo make install
同様にテストしてみる。
1回目
real 0m41.376s
user 0m40.946s
sys 0m0.064s
2回目
real 0m41.077s
user 0m40.901s
sys 0m0.060s
評判どおり、Core 2 Duoは64ビットの方が遅いようだ。ライブラリの最適化とかの問題もありそうだが。
引き続き、rjags 1.0.0-1をインストール。pkg-configが必要なのでまずはそちらをインストールしておく。
R CMD INSTALL -l /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library rjags_1.0.0-1.tar.gz
で、インストールできたのだが、rjags 1.0.0-1はcoda 0.13以上が必要なのであった。しかし、筑波大のCRANにはまだ0.12-1しかなかった。
タグ：jags
リンクするBLAS/LAPACKをIntel MathKernelLibraryやGotoBLASにすると高速になるのでは。
ところで-arch x86_64の時に-m64って必要なんですか?
てっきり-arch x86_64があればデフォルトで有効になるものとばかり思ってましたが。
by 橘 (2007-12-13 10:00)
GotoBLASを使ったらちょっとだけ速くなりました。
real 0m15.949s
user 0m15.924s
sys 0m0.021s
-m64の件は、よく分からないのでとりあえず付けているというところです。man page見るといらなさそう。
by hiroki (2007-12-13 21:13)