NIMBLE並列実行

parallelパッケージをつかって、NIMBLEのMCMC計算を並列化してみました。mclapply関数を使用しているのでWindowsでは動作しません（parLapplyをつかってください）。

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nimbleEcologyによるCJSモデル

Cormack-Jolly-Seber (CJS) モデルです。生存確率と再捕獲確率が固定のモデルでためしています。

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nimbleEcologyによるN混合モデル

次は、N混合モデルです。

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nimbleEcologyによる動的占有モデル

こんどは動的占有モデルです。与える引数の形式が、ベクトル・ベクトル・行列なので、dDynOcc_vvm分布を使用しました。ほかの分布はマニュアルを参照してください。

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nimbleEcologyによるサイト占有モデル

nimbleEcologyをためしてみました。

サイト占有モデル(dOcc)では占有確率は固定になるみたいです。（【追記】サイトごとには変えられる。そりゃそうだ。ということでコードを更新しました。）検出確率の型によって分布名が別になっています。動的占有モデルとかではこれによって分布名がえらいことになっています。nimbleのユーザー定義関数ではオーバーロードができない?

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タグ：Nimble

NIMBLEによるサイト占有モデル

ひさしぶりにNIMBLEをつかってみたメモです。WAICを計算できるようになっていました。

昨年の生態学会用につくったサイト占有モデルの例題をやってみました。nimbleEcologyは使わずにやっています。

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タグ：Nimble

Apple Silicon Mac で rjags の呼び出しがエラーになるとき

Apple Silicon (M1Max) の MacBook Proで、HomebrewからJAGSをインストールし、Rからrjagsをインストールしたのですが、library(rjags)で、以下のようなエラーになりました。

call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so' を読み込めません: 
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so, 0x000A): Library not loaded: /opt/R/arm64/lib/libjags.4.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1-arm64/Resources/library/rjags/libs/rjags.so
Reason: tried: '/opt/R/arm64/lib/libjags.4.dylib' (no such file), '/usr/lib/libjags.4.dylib' (no such file)

結局、rjagsをソースからインストールしなおしたら、使えるようになりました。

> remove.packages("rjags")
> install.packages("rjags", type="source")

タグ：jags

『統計的因果推論の理論と実装』『読書とは何か』ほか

MARUZEN&ジュンク堂札幌店にて購入。


統計的因果推論の理論と実装—潜在的結果変数と欠測データ—
高橋将宜(著)
発行: 共立出版


読書とは何か—知を捕らえる15の技術—
三中信宏(著)
発行: 河出書房新社

帰りの地下鉄でプロローグを読んで、しっかり「落とし穴」にはめられたのであるが、よく考えれば陶淵明が教訓的なことをいうというのは事前確率として相当小さいのであった。


改訂新版 フィールドで使える図説植物検索ハンドブック【埼玉2998種類】 改訂新版
NPO法人埼玉県絶滅危惧植物種調査団(著)
発行: さきたま出版会


BIOSTORY vol.35
BIOSTORY 編集委員会(編)
 発行: 誠文堂新光社
特集 生き物と先住民/三陸の海をめぐる生き物文化

タグ：本

島田卓哉『野ネズミとドングリ』

本日の着便。


野ネズミとドングリ—タンニンという毒とうまくつきあう方法
島田卓哉(著)
発行：東京大学出版会

タグ：本

[Stan] 直径階級データのワイブル分布へのあてはめ

樹木の直径データですが、ヒストグラムの形でしか公開されていないとか、そもそも2cm刻みとかで測定されていたりする場合があります。こういう直径階級データをStanでワイブル分布にあてはめます。

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タグ：STAn