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Stan: Reduce Sum をつかった N-mixture model (2) bivariate Poisson 版 [統計]

Reduce Sum をつかった N-mixture modelですが、繰り返し測定が2回なら、bivariate Poisson分布でさらに高速化できます。

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Stan: Reduce Sum をつかった N-mixture model [統計]

きのうのコードは まちがっていたので、ちゃんと うごくようになおしました。

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Stan: Reduce Sum でなぜか結果がかわる [統計]

N-mixtureモデルをStanであてはめるのに個体数ごとの尤度を足し上げる場合、Reduce Sumをつかってマルチスレッドにすると高速化できるのではないかと、やってみました。しかし、マルチスレッドを有効にするとなぜか結果がかわってしまいました。

【2020-10-25 07:43 JST 追記】 一晩ねて落ち着いて考えてみると、log_sum_expでたすべきところを、そのままたしてしまうことになるので、結果がかわるのは当然でした。

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札幌のカラス3 [本]

札幌のカラス3
中村 眞樹子(著)
北海道新聞社, 2020

MARUZEN&ジュンク堂 札幌店にて。

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