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[Stan] 隠れマルコフモデルのテスト2 [統計]

遷移確率と出力確率を推定してみます。

コードです。Stanにわたす初期値に制限をつけておかないとラベルスイッチングがおきることがあるようです。

結果です。

> fit$summary(variables = c("Gamma", "phi", "rho"))
# A tibble: 10 x 10
   variable     mean median     sd    mad      q5   q95  rhat ess_bulk ess_tail
                             
 1 Gamma[1,1] 0.880  0.884  0.0332 0.0305 0.820   0.926  1.00    2071.    2434.
 2 Gamma[2,1] 0.274  0.273  0.0513 0.0515 0.191   0.361  1.00    2143.    2238.
 3 Gamma[1,2] 0.120  0.116  0.0332 0.0305 0.0738  0.180  1.00    2071.    2434.
 4 Gamma[2,2] 0.726  0.727  0.0513 0.0515 0.639   0.809  1.00    2143.    2238.
 5 phi[1,1]   0.731  0.731  0.0359 0.0344 0.674   0.792  1.00    2147.    1972.
 6 phi[2,1]   0.0798 0.0741 0.0522 0.0568 0.00825 0.174  1.00    2140.    1364.
 7 phi[1,2]   0.269  0.269  0.0359 0.0344 0.208   0.326  1.00    2147.    1972.
 8 phi[2,2]   0.920  0.926  0.0522 0.0568 0.826   0.992  1.00    2141.    1364.
 9 rho[1]     0.660  0.707  0.242  0.266  0.202   0.972  1.00    3099.    1950.
10 rho[2]     0.340  0.293  0.242  0.266  0.0280  0.798  1.00    3099.    1950.

だいたいうまく推定できたようです。


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