[Stan] 隠れマルコフモデルのテスト2 [統計]
遷移確率と出力確率を推定してみます。
コードです。Stanにわたす初期値に制限をつけておかないとラベルスイッチングがおきることがあるようです。
結果です。
> fit$summary(variables = c("Gamma", "phi", "rho")) # A tibble: 10 x 10 variable mean median sd mad q5 q95 rhat ess_bulk ess_tail1 Gamma[1,1] 0.880 0.884 0.0332 0.0305 0.820 0.926 1.00 2071. 2434. 2 Gamma[2,1] 0.274 0.273 0.0513 0.0515 0.191 0.361 1.00 2143. 2238. 3 Gamma[1,2] 0.120 0.116 0.0332 0.0305 0.0738 0.180 1.00 2071. 2434. 4 Gamma[2,2] 0.726 0.727 0.0513 0.0515 0.639 0.809 1.00 2143. 2238. 5 phi[1,1] 0.731 0.731 0.0359 0.0344 0.674 0.792 1.00 2147. 1972. 6 phi[2,1] 0.0798 0.0741 0.0522 0.0568 0.00825 0.174 1.00 2140. 1364. 7 phi[1,2] 0.269 0.269 0.0359 0.0344 0.208 0.326 1.00 2147. 1972. 8 phi[2,2] 0.920 0.926 0.0522 0.0568 0.826 0.992 1.00 2141. 1364. 9 rho[1] 0.660 0.707 0.242 0.266 0.202 0.972 1.00 3099. 1950. 10 rho[2] 0.340 0.293 0.242 0.266 0.0280 0.798 1.00 3099. 1950.
だいたいうまく推定できたようです。
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