[Stan] 隠れマルコフモデルのテスト1

CmdStan 2.24に隠れマルコフモデルが くみこまれたということでテストです。

まず、出力確率は既知という設定で、遷移確率を推定します。

説明はマニュアル26章にありますので、それをみながら試行錯誤です。hmm_marginal関数に与える引数は、出力のそれぞれが得られる確率の対数、遷移確率、初期状態の確率となります。

以下コードです。

結果です。

> fit$summary()
> fit$summary()
# A tibble: 11 x 10
   variable       mean    median     sd    mad        q5      q95  rhat ess_bulk ess_tail
                                       
 1 lp__       -666.    -666.     1.27   1.08   -668.     -665.     1.00    1793.    2028.
 2 p[1,1]        0.900    0.901  0.0188 0.0185    0.867     0.929  1.00    2522.    2607.
 3 p[2,1]        0.278    0.276  0.0424 0.0431    0.211     0.349  1.00    2226.    2556.
 4 p[1,2]        0.100    0.0989 0.0188 0.0185    0.0713    0.133  1.00    2522.    2607.
 5 p[2,2]        0.722    0.724  0.0424 0.0431    0.651     0.789  1.00    2226.    2556.
 6 rho[1]        0.663    0.702  0.243  0.270     0.203     0.977  1.00    2686.    1901.
 7 rho[2]        0.337    0.298  0.243  0.270     0.0235    0.797  1.00    2686.    1901.
 8 gamma[1,1]    0.900    0.901  0.0188 0.0185    0.867     0.929  1.00    2522.    2607.
 9 gamma[2,1]    0.278    0.276  0.0424 0.0431    0.211     0.349  1.00    2226.    2556.
10 gamma[1,2]    0.100    0.0989 0.0188 0.0185    0.0713    0.133  1.00    2522.    2607.
11 gamma[2,2]    0.722    0.724  0.0424 0.0431    0.651     0.789  1.00    2226.    2556.

だいたいよい値がえられている気がします。

【2020-08-23 11:55 JST 修正】 log_omegaの与え方をまちがえていたので、修正しました。

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