Stan: RStan 2.7.0で並列化

Stan 2.7がリリースされました。RStanがCRANにはいって、並列化に対応したとのことなので、ためしてみました。

以前の常微分方程式をつかったモデルのパラメーター推定のRコードをRStan 2.7標準の並列化に対応させてみます。環境はOS X 10.10.4、R 3.2.1、RStan 2.7.0-1です。

## データ
set.seed(123)
r <- 0.1
K <- 1000
ts <- seq(0, 30)
N <- vector("integer", length(ts))
N[1] <- 100
for (t in seq_along(ts)[-1]) {
  N[t] <- rpois(1, N[t -1] + r * N[t - 1] * (K - N[t - 1]) / K)
}

## モデル
library(rstan)
rstan_options(auto_write = TRUE)
options(mc.cores = parallel::detectCores())

inits <- list()
inits[[1]] <- list(theta = c(0.01, 1500))
inits[[2]] <- list(theta = c(0.1, 500))
inits[[3]] <- list(theta = c(0.05, 2000))
inits[[4]] <- list(theta = c(0.2, 1000))
seed <- 3

fit  <- stan(file = "logistic2.stan",
             data = list(T = length(ts) - 1,
                         N0 = N[1],
                         N = N[-1],
                         t0 = ts[1],
                         ts = ts[-1]),
             init = inits, seed = seed,
             chains = 4, iter = 2000,
             open_progress = FALSE)

rstan_options(auto_write = TRUE)とoptions(mc.cores = parallel::detectCores())を指定しておくと並列化計算するようです。また、stan()関数中のopen_progressをTRUEにしておくと、途中経過を確認できます。OS Xでは、ブラウザに表示されました。

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