ランダム効果が2要因のGLMM

ランダム効果が2要因あるGLMM(Generalized Linear Mixed Model: 一般化線形混合モデル)をおこなう必要が出てきた。RにおいてGLMMを実行する関数の現状については、北大の久保さんが2月にまとめておられるところだが、それも参考に検討してみる。

glmm {GLMMGibbsパッケージ、CRANのDevelディレクトリに収録}

[R] library for mixed GLM?によると、2つのランダム要因を扱える。
ただし、今回計算したいデータでは、バスエラーが発生。

glmm {Jim Lindseyさん作のrepeatedパッケージ}

ランダム要因はひとつ。

glmmPQL {MASSパッケージ}

ランダム要因はひとつ、またはネストしたもののみ。

glmmML {glmmMLパッケージ}

ランダム要因はひとつ。

lmer {lme4パッケージ}

2つ以上のランダム要因を扱える。
'port' という名前のパッケージはありませんという警告が出るが、計算はおこなわれる。
PQL法なのでAICによるモデル選択はできないが、今回の目的にはこれが使えそうだ。